Основните задачи и дейности на отдела произтичат от Закона за здравето, Наредба № 36 от 2009 г. за условията и реда за упражняване на държавен здравен контрол и са определени от Правилника за устройството и дейността на Националния център по радиобиология и радиационна защита. Те включват:

1. Предварителен здравно-радиационен контрол:

• участие в комисии по избор на терени за изграждане на обекти с източници на йонизиращи лъчения;
• участие със становища в експертните съвети към съответната община и районите по Закона за устройство на територията;
• оценка на внесените проектни документации и изготвяне на писмени становища по тях;
• консултации на граждани и проектанти за нормативните изисквания към различните видове обекти с източници на йонизиращи лъчения;
• проверки в хода на строителство на обектите с източници на йонизиращи лъчения;
• по искане на физически или юридически лица, дават становище по готовността на строежите за въвеждането им в експлоатация по реда на Закона за устройството на територията;
• участие в дейността на приемателните комисии за въвеждане в експлоатация на обектите с източници на йонизиращи лъчения – по ЗУТ и ЗБИАЕ.

2. Систематичен здравно-радиационен контрол:

• провеждане на систематичен контрол в обекти с източници на йонизиращи лъчения в областта на медицината, промишлеността, науката, селско стопанство и др. на територията на гр. София, Софийска, Благоевградска, Кюстендилска и Пернишка области;
• изготвяне на протоколи за проверка на радиационната защита на обекти с източници на йонизиращи лъчения;
• изготвяне на протоколи за проверка на радиационната защита на специализирани транспортни средства за превоз на източници на йонизиращи лъчения и радиоактивни отпадъци;
• предписване на мерки за подобряване здравно-радиационното състоянието на обектите, работещи с източници на йонизиращи лъчения;
• налагане на санкции при констатиране на нередности по спазване на изискванията на радиационната защита: глоби, отстраняване от работа при медицински противопоказания за работа в среда на йонизиращи лъчения, спиране от експлоатация на обекти с източници на йонизиращи лъчения, създаващи непосредствен риск за здравето.
• извършване на контрол на радиационните параметри на работна и жизнена среда чрез:

– доза и мощност на дозата гама-/рентгеново лъчение;
– плътност на потока бета-частици;
– повърхностно радиоактивно замърсяване на работни повърхности, оборудване, работно облекло и др;

• изготвяне на протоколи.
• Контрол за спазване на радиационната безопасност и правилата за работа с източници на йонизиращи лъчения..
• Контрол на облъчени храни – условия за издаване разрешения на предприятия за облъчване на храни и на разрешения за облъчване на храни..

3. Насочен здравно-радиационен контрол

• Проверки по сигнали и жалби на граждани, самостоятелно и с други компетентни държавни органи и институции
• Дейност за ограничаване и ликвидиране на аварийни ситуации.